Poza swoim własnym zasobem Oddział w Gdyni – ze względu na dobre warunki lokalowe - przechowuje akta stanowiące depozyt AP w Gdańsku. W chwili obecnej zasób ten stanowi 1421 zespołów – 3 991 m.b. akt. Wśród akt depozytowych przeważają akta sądów (m.in. z Gdańska, Kartuz, Kościerzyny, Tczewa i Starogardu Gd.), partii politycznych (PZPR, ZMP), administracji państwowej oraz przedsiębiorstw państwowych - wytworzone po 1945 r.